目的：内镜、腹腔镜和开放手术都是治疗相对较小(2~4 cm)胃肠道间质瘤(GISTs)的方法。但是，临床中选择哪种治疗方法仍然存在争议。本研究中应用肿瘤大小-配对研究方法，比较这些治疗方法的短期和长期预后。方法：本研究收集了80例胃间质瘤患者，其间质瘤大小在2~4 cm之间，对这些患者的临床资料进行回顾性分析。评价这些患者的临床数据，围手术期数据和肿瘤学数据。结果：18例患者进行内镜治疗，20例患者行腹腔镜治疗，其余42例行开放手术治疗。三组间的临床数据没有显著的差异，符合研究预期。内镜切除组手术时间最短、出血量最少、术后住院时间最短及最早开始进食流质饮食和半流质饮食。此外，腹腔镜组的短期预后明显好于开放手术组。对于治疗费用及术后严重并发症的发生，3种治疗组之间无明显差异。该研究病例在随访过程中均未出现复发。结论：对于相对较小的胃间质瘤，内镜下切除是有效的，安全的，可行的微创治疗方法。