甲状腺乳头状癌颈部淋巴结转移相关基因的生物信息学分析 - 侯建忠; 樊友本; 伍波 (临床与病理杂志, 2020)
目的：利用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma，PTC)颈部淋巴结转移的关键基因。方法：从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)公共数据平台高通量基因表达(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库检索得到PTC的基因芯片GSE60542，使用GEO2R在线分析工具分别筛选PTC和癌旁组织的差异表达基因(差异表达基因集A)以及PTC与颈部淋巴结转移癌组织之间的差异表达基因(差异表达基因集B)。进一步筛选出差异表达基因集A和差异表达基因集B交集的差异表达基因集C。通过生物信息学工具David，String，cBioPortal对差异表达基因集C进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析，并对差异表达基因集C进行生存分析。结果：通过分析GSE60542芯片数据，一共获得1 086个差异表达基因A、194个差异表达基因B、39个差异表达基因C。基因本体(Gene Ontology，GO)分析显示：差异表达基因集C主要的分子功能与氧化还原酶活性、蛋白质同源二聚化活性、生长因子结合有关；这些基因主要参与细胞增殖、甲状腺激素的产生、神经细胞凋亡过程的负调节、γ-氨基丁酸信号转导途径等生物学过程。通过cBioPortal在线分析网站，初步筛选出对患者生存时间影响较大的基因CCL21。结论：基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织间差异表达基因，并筛选出PTC颈部淋巴结转移相关的关键基因，为进一步研究PTC颈部淋巴结转移的分子机制提供一定的指导。